Obiettivi formativi:
Il corso mira ad illustrare i principali approcci di genomica funzionale. Gli studenti impareranno ad applicare le tecnologie basate sui DNA microarrays e sul sequenziamento di nuova generazione NGS, affrontandone i problemi e comprendendone le prospettive. In particolare gli studenti familiarizzeranno con il data mining: dalla normalizzazione al filtraggio statistico dei dati al gene clustering e alla classificazione ontologica. Si passerà poi a studiare la disponibilità e l'utilizzo di dati di genomica funzionale nei database pubblici e la loro rilevanza per la ricerca in biomedicina.

-Obiettivi generali:
L'illustrazione teorica dei principi alla base delle principali metodologie utilizzate in genomica funzionale sarà complementata da alcune esercitazioni pratiche sull'uso di software di analisi e in seguito dalla discussione di lavori presi dalla letteratura recente. In tal modo lo studente potrà sviluppare un'attitudine ad interpretare i lavori di genomica funzionale con spirito critico e a pesare il valore e la portata di analisi di quel tipo.
- Obiettivi specifici:
1.Conoscenza e comprensione: Lo studente dovrà conoscere i principi di base, le potenzialità e le possibili criticità delle tecniche di genomica funzionale più utilizzate
2.capacità di applicare conoscenza e comprensione: Lo studente dovrà essere in grado di applicare queste conoscenze all'interpretazione critica di lavori recenti presenti nella letteratura scientifica
3.capacità critiche e di giudizio: Lo studente dovrà dimostrare capacità critiche e di giudizio nel valutare l'impatto e la solidità di lavori presentati di recente nella letteratura scientifica e 4. di saper comunicare al docente e ai colleghi le sue conclusioni
4. Lo studente dovrà dimostrare capacità di proseguire l'applicazione degli strumenti di analisi appresi (software specifici, disponibili gratuitamente in rete) nel suo lavoro sperimentale.

Argomenti specifici
La genomica funzionale e le nuove tecniche high-throughput: microarrays a DNA e tecniche di sequenziamento di nuova generazione; La tecnologia dei DNA microarrays - la progettazione di un esperimento; Scelta dei target, marcatura delle sonde, ibridazione e lettura; normalizzazione dei dati e filtri statistici; I software per la lettura dei microarrays; False discovery rate e scelta del design sperimentale; I metodi di gene clustering e il data mining; Analisi ontologica di liste di geni; Il metaclustering e il confronto tra esperimenti; Database locali e generali di dati di microarray; I Database di organismi modello;L'immunoprecipitazione della cromatina; La mappatura genomica delle proteine che si legano al DNA; L'interazione genetica positiva e negativa; Applicazioni delle tecniche della genomica funzionale a diversi argomenti: La regolazione trascrizionale del ciclo cellulare; La risposta al danno; La mappatura dei fattori di trascrizione; Analisi Genome-wide delle modificazioni della cromatina; Le reti interattive di regolazione della trascrizione.
Sono previste esercitazioni di utilizzo di software di analisi funzionale e database dedicati (Gene Ontology classification; Gene clustering analysis; gene network analysis) e sull'accesso ai database pubblici.

Non ci sono testi specifici ma materiali (review e articoli) disponibili in Moodle2 inclusi alcuni capitoli del testo di D.Steckel "Microarrays Bioinformatics" (Oxford press) tradotti in italiano dal docente.
Consigliato per approfondire alcuni argomenti: Helmer Citterich et al. Fondamenti di Bioinformatica