Obiettivi generali:
Obiettivo generale del corso è di trasferire agli studenti le conoscenze dello stato dell’arte della biologia computazionale a seguito dell’avvento di tecnologie di sequenziamento massivo per la produzione di dati genomici e proteomici. Tali basi sono necessarie poi per permettere agli studenti di raggiungere le competenze per una corretta analisi delle problematiche proprie dell’area e la capacità di progettazione ed implementazione di un software adatto alla risoluzione del problema proposto. Pertanto il percorso formativo è finalizzato alla formazione di una figura professionale che sia in grado di intervenire nella risoluzione e gestione di progetti informatici in ambito biomolecolare.

Obiettivi specifici:

Conoscenza e comprensione:
Il corso di Biologia Computazionale punta a formare esperti di analisi di dati biomedici e progettisti di sistemi software in possesso di conoscenze di base di biologia molecolare e delle tecnologie usate per affrontare la gestione dell’enorme flusso di dati generati in questo settore. Tali figure dovranno essere in grado, a partire dalla piattaforma sperimentale di produzione dei dati (verranno particolarmente approfondite le problematiche derivanti dai dati prodotti con il sequenziamento massivo), di stabilire quali siano gli algoritmi di interesse per l’analisi dei dati grezzi del progetto. Essi dovranno inoltre acquisire una sensibilità ed un'apertura critica rispetto alla capacità di definizione del protocollo di analisi di dati tenendo conto delle risorse di calcolo a disposizione ed ottimizzare l’analisi di conseguenza. A fine corso gli studenti presenteranno inoltre capacità di gestione, integrazione ed interrogazione dell’enormi moli di dati prodotti dalle analisi al fine dell'ottenimento di risultati finali biologici, efficaci ed usabili, e della produzione di sistemi software per la comunità dei bioinformatici.

Applicazione di conoscenza e comprensione:
Gli obiettivi formativi sono realizzati attraverso lezioni frontali, attività di laboratorio ed esercitazioni nelle quali sono previste simulazioni di progetti di lavoro, svolgimento in classe o discussione con partecipazione diretta degli studenti relativamente a problemi e all’analisi di casi di studio. Durante le esercitazioni gli studenti apprenderanno come progettare e sviluppare
• una pipeline di analisi bioinformatica per il processamento dei dati grezzi
• l’auotomatizzazione ed ottimizzazione della pipeline di analisi
• un sistema software per la gestione ed interrogazione dei dati prodotti dall’analisi

Capacità critiche e di giudizio:
Gli studenti del corso acquisiranno la capacità di elaborare informazioni complesse e/o frammentarie (ad esempio dovranno gestire dati di sequenze annotate solo in parte, ossia solo alcune di esse saranno associate ad un intervallo cromosomico di un organismo sequenziato, e spesso annotate in maniera non standard) e dovranno pervenire ad una modellazione dei dati pensata in maniera originale ed autonoma, scelta coerentemente con l'ambito biologico del proprio progetto sperimentale.

Capacità di comunicazione:
Gli studenti saranno in grado di comunicare con i ricercatori dell’area biomedica, in modo chiaro, logico ed efficace, utilizzando gli strumenti metodologici acquisiti durante il corso e mediante termini propri dell’area della biologia computazionale. L'acquisizione di tali competenze sarà saggiata attraverso una verifica scritta e orale di un progetto sviluppato nel laboratorio.

Capacità di apprendimento:
Gli studenti dovranno aver acquisito la capacità critica, originale ed autonoma di rapportarsi a problematiche
proprie dei progetti di biologia computazionale e di applicare autonomamente le conoscenze acquisite durante il corso
in vista di un'eventuale prosecuzione degli studi a livello superiore (laurea specialistica) o nella più ampia prospettiva di
approfondimento culturale e professionale nel caso di un impiego nell’area biomedica/bioinformatica.