L’insegnamento prevede 48 ore di didattica frontale comprendente attività teorico-pratiche ed è articolato in due moduli da 3 cfu ciascuno

Lezioni frontali teorico-pratiche

Modulo 1 (24 ore)
• Descrizione delle principali banche di dati biologiche e delle modalità di interrogazione (2 ore)
• Confronto di due sequenze con algoritmi esatti ed euristici; confronto di due genomi (2 ore)
• Matrici di punteggio (1 ora)
• Ricerche in banche dati per somiglianza di sequenza (3 ore)
• Metodi per calcolare allineamenti multipli di sequenze (4 ore)
• Costruzione di profili e PSSM (2 ore)
• Ricerche con profili in banche dati; banche dati di profili (2 ore)
• Modelli di Markov Nascosti (HMM) e uso per ricerche in banche dati, allineamento di sequenze, previsione di strutture proteiche, previsione di geni (2 ore)
• Reti neurali e algoritmi di classificazione automatica; applicazione alla previsione di strutture secondarie, dell’accessibilità al solvente, peptidi segnale, epitopi antigenici, zone di interazione proteina-proteina (2 ore)
• Uso di programmi di grafica molecolare (2 ore)
• Confronto e sovrapposizione di strutture proteiche (2 ore)
Modulo 2 (24 ore)
• Metodi di previsione della struttura tridimensionale delle proteine (2 ore)
• Metodi di modellizzazione per omologia e di valutazione dei modelli (10 ore)
• moduli specialistici (10 ore)
o risorse per lo studio di interazioni proteina-proteina (1 + 2 ore)
o cenni di docking proteina-proteina (1 ora)
o analisi di network di interazioni proteina-proteina (8 ore)

Pascarella, Paiardini – “Bioinformatica: dalla sequenza alla struttura delle proteine”, Zanichelli
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