L’insegnamento prevede 48 ore di didattica frontale comprendente attività teorico-pratiche ed è articolato in due moduli da 3 cfu ciascuno Lezioni frontali teorico-pratiche Modulo 1 (24 ore) • Descrizione delle principali banche di dati biologiche e delle modalità di interrogazione (2 ore) • Confronto di due sequenze con algoritmi esatti ed euristici; confronto di due genomi (2 ore) • Matrici di punteggio (1 ora) • Ricerche in banche dati per somiglianza di sequenza (3 ore) • Metodi per calcolare allineamenti multipli di sequenze (4 ore) • Costruzione di profili e PSSM (2 ore) • Ricerche con profili in banche dati; banche dati di profili (2 ore) • Modelli di Markov Nascosti (HMM) e uso per ricerche in banche dati, allineamento di sequenze, previsione di strutture proteiche, previsione di geni (2 ore) • Reti neurali e algoritmi di classificazione automatica; applicazione alla previsione di strutture secondarie, dell’accessibilità al solvente, peptidi segnale, epitopi antigenici, zone di interazione proteina-proteina (2 ore) • Uso di programmi di grafica molecolare (2 ore) • Confronto e sovrapposizione di strutture proteiche (2 ore) Modulo 2 (24 ore) • Metodi di previsione della struttura tridimensionale delle proteine (2 ore) • Metodi di modellizzazione per omologia e di valutazione dei modelli (10 ore) • moduli specialistici (10 ore) o risorse per lo studio di interazioni proteina-proteina (1 + 2 ore) o cenni di docking proteina-proteina (1 ora) o analisi di network di interazioni proteina-proteina (8 ore)

Pascarella, Paiardini – “Bioinformatica: dalla sequenza alla struttura delle proteine”, Zanichelli Tutto il materiale didattico depositato presso il sito elearning2.uniroma1.it