Docente
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PASCARELLA STEFANO
(programma)
L’insegnamento prevede 48 ore di didattica frontale comprendente attività teorico-pratiche.
Lezioni frontali
• Descrizione delle principali banche di dati biologiche e delle modalità di interrogazione (3 ore)
• Confronto di due sequenze con algoritmi esatti ed euristici; confronto di due genomi (4 ore)
• Matrici di punteggio (1 ora)
• Ricerche in banche dati per somiglianza di sequenza (4 ore)
• Metodi per calcolare allineamenti multipli di sequenze (4 ore)
• Costruzione di profili e PSSM (2 ore)
• Ricerche con profili in banche dati; banche dati di profili (4 ore)
• Modelli di Markov Nascosti (HMM) e uso per ricerche in banche dati, allineamento di sequenze, previsione di strutture proteiche, previsione di geni (4 ore)
• Reti neurali e algoritmi di classificazione automatica; applicazione alla previsione di strutture secondarie, dell’accessibilità al solvente, peptidi segnale, epitopi antigenici, zone di interazione proteina-proteina (4 ore)
• Uso di progammi di grafica molecolare (2 ore)
• Confronto e sovrapposizione di strutture proteiche (2 ore)
• Metodi di previsione della struttura tridimensionale delle proteine: metodi di riconoscimento di fold (2 ore)
• Metodi di modellizzazione per omologia e di valutazione dei modelli (6 ore)
• Moduli specialistici di tema variabile (6 ore)
o filogenesi molecolare
o docking
o cenni di meccanica molecolare
Pascarella, Paiardini – “Bioinformatica: dalla sequenza alla struttura delle proteine”, Zanichelli
Tutto il materiale didattico depositato presso il sito elearning2.uniroma1.it
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