- Descrizione delle principali banche di dati biologiche e delle modalità di interrogazione (3 ore) - Confronto di due sequenze con algoritmi esatti ed euristici; confronto di due genomi (4 ore) - Matrici di punteggio (1 ora) - Ricerche in banche dati per somiglianza di sequenza (4 ore) - Metodi per calcolare allineamenti multipli di sequenze (4 ore) - Costruzione di profili e PSSM (2 ore) - Ricerche con profili in banche dati; banche dati di profili (4 ore) - Modelli di Markov Nascosti (HMM) e uso per ricerche in banche dati, allineamento di sequenze, previsione di strutture proteiche, previsione di geni (4 ore) - Reti neurali e algoritmi di classificazione automatica; applicazione alla previsione di strutture secondarie, dell’accessibilità al solvente, peptidi segnale, epitopi antigenici, zone di interazione proteina-proteina (4 ore) - Uso di progammi di grafica molecolare (2 ore) - Confronto e sovrapposizione di strutture proteiche (2 ore) - Metodi di previsione della struttura tridimensionale delle proteine: metodi di riconoscimento di fold (2 ore) - Metodi di modellizzazione per omologia e di valutazione dei modelli (6 ore) - moduli specialistici (6 ore) · filogenesi molecolare · docking · cenni di meccanica molecolare

Il materiale didattico è disponibile sul sito elearning (https://elearning.uniroma1.it/course/edit.php?id=309) sotto forma di videolezioni e file pdf. Testo facoltativo: Pascarella Paiardini, Bioinformatica, Zanichelli